Laut Paracelsus basiert die Medizin auf Natur- und Gotteserkenntnis. Um Krankheiten und ihre richtige Behandlung verstehen zu können, seien einerseits empirische Befunde notwendig, andererseits sei auch die Betrachtung des Großen und ganzen erforderlich, und auch weitaus wichtiger; denn „der Mensch kann nur vom Makrokosmos aus erfasst werden, nicht aus sich selbst heraus. Erst das Wissen um diese Übereinstimmung vollendet den Arzt“, so Paracelsus in seinem Buch Opus Paramirum.
Der materielle Körper ist laut Paracelsus nur ein Teil des vollständigen Körpers, der für den normalen Betrachter zu großen Teilen nicht sichtbar sei. Durch stetige Arbeit an sich selbst könne man der göttlichen Erleuchtung teilhaftig werden, und die Welt mit anderen Augen („im Lichte der Natur“ – Opus Paramirum) sehen, und nur so würde man zum Arzt taugen.
Neben der Gnade Gottes ist zur erfolgreichen Ausübung der ärztlichen Kunst auch die Erkenntnis und Beherrschung von vier Teildisziplinen notwendig. Diese sind:
Ÿ die Philosophie
Die von Paracelsus angesprochene Philosophie ist nicht mit der Philosophie der Moderne zu verwechseln – gemeint ist die Wahrheitsliebe.
„Einer, der ein Philosoph sein und sich vor Falschem bewahren will, der muss seiner Philosophie eine solche Grundlage geben, dass er Himmel und Erde in einem Mikrokosmos zusammenfasst“
Ÿ die Astronomie
Gemeint ist hier die Wissenschaft der inneren Gestirne, nicht die astronomische Wissenschaft der Moderne.
„So nun der Mensch in seiner ganzen Zusammensetzung begriffen werden soll, durch einen jeden Arzt, so wisset jetzt, dass die Astronomie der zweite Grund ist und die obere Sphäre der Philosophie darstellt“
Ÿ die Alchemie
„Denn die Natur ist so subtil und scharf in ihren Dingen, dass sie nicht ohne große Kunst angewendet werden mag. Denn sie bringt nichts an den Tag, das für sich selbst vollendet wäre, sondern der Mensch muss es vollenden. Diese Vollendung heißt Alchemia“.
„Darum so lerne Alchimiam, die sonst Spagyria heißt, die lehrt zu scheiden das Falsche vom Gerechten“ und
Ÿ die Proprietas (Redlichkeit)
„Darum soll der Arzt des Volkes Glauben besitzen, so hat er ihn auch bei Gott“.
Zu den Ursachen von Krankheiten führen die Lehren des Paracelsus aus, dass es fünf Hauptarten von Krankheitseinflüssen gebe, die er als Entia bezeichnet:
Ÿ das Ens Astrorum / Ens Astrale (Einflüsse der Gestirne),
Ÿ das Ens Veneni („Gift“, das durch den Körper aufgenommen wird),
Ÿ das Ens Naturale (Konstitution; Vorherbestimmung),
Ÿ das Ens Spirituale (der Einfluss der „Geister“) und
Ÿ das Ens die (der unmittelbare Einfluss Gottes).
Jede Krankheit, so Paracelsus, lässt sich auf eine oder mehrere dieser Ursachen zurückführen. Eine schwache Konstitution (Ens Naturale) würde zum Beispiel die Wirkung eines Giftes (Ens Veneni) verstärken. Daher müsse die Gesamtheit aller fünf Entia berücksichtigt werden, um eine korrekte Diagnose erstellen zu können.
Zur Behandlung und Heilung von Krankheiten stellt Paracelsus den fünf Krankheitseinflüssen eine dreigeteilte Anwendung von Heilmitteln entgegen. So wird der Körper durch Schwefel, Quecksilber und Salz aufgebaut, wobei er diese nicht als stoffliche Elemente auffasst. Vielmehr symbolisiert der Schwefel das Brennbare – die Seele des Menschen, Quecksilber die Flüchtigkeit – den Lebensgeist des Menschen und Sal das Beständige, das Feststehende – den Körper des Menschen. Die Heilung erfolgt – so Paracelsus – durch die Wiederherstellung des Gleichgewichts, beispielsweise durch die Verabreichung von Mitteln mit den benötigten Eigenschaften.
Paracelsus bediente sich neben der Verwendung und Verfeinerung überlieferter Heilmethoden auch der sog. Signaturenlehre zum Auffinden von Heilmittelträgern, sowie alchemistischer Techniken um die darin enthaltenen Wirkstoffe zu entziehen.
Die Signaturenlehre – auch Lehre über die „Anatomie in den Dingen des Mikro- und Makrokosmos“ genannt – beruht auf dem der hermetischen Philosophie entnommenen Prinzip der Analogiebeziehung zwischen dem Menschen, dem Mikrokosmos und der Welt, dem Makrokosmos. Demnach würden äußere Eigenschaften von Form und Farbe von Pflanzen Rückschlüsse auf deren Wirkung ziehen lassen. Stachelige Disteln sollen z. B. gegen ein Stechen in der Brust helfen, während herzförmige Blüten gegen Herzkrankheiten und höckrige Wurzeln gegen den Aussatz wirken sollen.
Außerdem sei es wichtig, die Heilmittel den Geschlechtern entsprechend zuzubereiten, d. h. Männern und Frauen seien – bis auf wenige Ausnahmen – geschlechterspezifische Arzneien zu verabreichen.
Die Ausführungen von Paracelsus und deren Interpretation sind auch heute noch häufig Diskussionsgegenstand der Vertreter traditioneller und alternativer Medizin.